Seta ry perusti Seta-säätiö sr:n vuonna 1982. Säätiön tarkoituksena on edistää yhteiskunnallista toimintaa, joka edistää seksuaali- ja sukupuolivähemmistöjen yhdenvertaisuutta yhteiskunnassa. Tarkoituksensa toteuttamiseksi säätiö tukee taloudellisesti seksuaali- ja sukupuolivähemmistöjen yhdenvertaisuuteen pyrkivää yhteiskunnallista toimintaa sekä harjoittaa toimintaa, joka välittömästi edistää säätiön tarkoituksen toteutumista.
Säätiö edistää yhdenvertaisuutta mahdollistamalla seksuaali- ja sukupuolivähemmistöjä koskevaa uraauurtavaa ja ajankohtaista tieteellistä tutkimusta, tuomalla yhteen aihetta tutkivat tahot ja rakentamalla siltoja LHBTIQA+-ihmisten ja tiedeyhteisön välille.